تفترق الطائفة الشيعية عن أهل السنة والجماعة في أنها لاتقر بأحقية خلافة الخلفاء الراشدين الثلاث الأوائل: أبو بكر الصديق، عمر بن الخطاب و عثمان بن عفان. و يرى متبعي هذه الطائفة (الشيعة) أن الإمامة منصوص عليها ومحددة من قبل الله، بينما يرى أهل السنة أن الإمامة لم يتم تحديدها من قبل الله.و الإمامة فضل من الله يتفضل به على من يشاء من عباده وليست خاصة لأحد ورد ذلك في القرآن و خاصة في أواخر سورة الفرقان.
تعود جذور الخلاف الرئيسي بين السنة والشيعة إلى أكبر و أول أزمة مر بها التاريخ الإسلامي ألا و هي الفتنة التي أدت إلى مقتل عثمان بن عفان، هذه الفتنة و ما خلفته وراءها من نزاعات عنيفة لاسيما بين معاوية و علي بن أبي طالب الخليفة الراشدي الرابع كانت السبب الرئيسي وراء تفتت المسلمين . فالانقسام بدا أنه سياسي تطور ليتعمق عقائدياً و فقهياً .